Natürlich stellt sich bei einer elektronischen Karte, die sehr viele persönliche Informationen und Gesundheitsdaten enthält, die Frage nach dem Datenschutz. Die Diskussion um den Datenschutz und entsprechende Verbesserungen nahm daher auch in der Vorbereitungszeit vor der Einführung der Karte breiten Raum ein. Alle Daten auf der eGK sind durch ein strenges Sicherheitssystem geschützt und über einen Mikroprozessorchip verschlüsselt.
Da die eGK momentan „nur“ über die Daten verfügt, die auch schon die bisherige Krankenversicherungskarte enthält, sind zusätzliche Anforderungen an den Datenschutz momentan nicht zentrales Thema. Relevant wird dieses Thema für die Versicherten vor allem dann, wenn künftig neue Funktionen auf der Karte integriert werden sollen.